Jack Tramiel původně nechtěl, aby jeho Atari pokračovala ve výrobě herních konzol a tak ihned po svém příchodu k Atari v létě 1984, jejich dosavadní výrobu úplně a bez náhrady zrušil. Nové, a dosud neprodávané konzoly Atari 2600jr (levnější a modernější verze populární Atari 2600) a Atari 7800 zůstaly uloženy ve skladech. Americký trh se tím ovšem uvolnil, neboď Atari byla lídrem tohoto trhu. Koncem roku 1985 pak na tento trh vtrhlo japonské Nintendo se svojí osmibitovou konzolou NES (Nintendo Entertainment System) a se svou přísně licenční kontrolou kvality her americký trh bleskově ovládlo. Další úspěšnou konzolou na americkém trhu se stal v roce 1986 osmibitový systém Sega Master System japonské firmy Sega.
Tramiel se snad cítil dotčen, že americký trh herních konzol ovládli Japonci - či spíše usoudil, že to není až tak špatná věc - a tak dal v polovině roku 1986 souhlas s prodejem konzol Atari ze skladů. Přestože se jednalo o již starší systémy (pouze obaly a joysticky byli dodány jiné), byly všechny zásoby do vánoc 1986 kupodivu vyprodány - a tak byla obnovena výroba. Američané rádi kupovali "své" Atari. Bohužel pro Atari, však už bylo pozdě. Návrat Atari na trh konzol totiž nepodpořili ti hlavní, a to jest, vývojáři her. Ti se již orientovali na jiné a hlavně výkonnější systémy, a tak seznam nových her pro Atari 7800 byl zákonitě velmi skromný. Navíc oprášeným konzolám uškodilo, že marketingová strategie Tramielovo Atari, byla ve srovnání s marketingem společností Nintendo a Sega velmi ubohá. Tramiel měl totiž pocit, že reklama na jeho výrobky není potřebná, a že plně postačí výkon a cena, které spotřebitelům nabídne...
Atari si byla samozřejmě vědoma, že její 8bit konzoly jsou zastaralé a tak se ještě na sklonku osmdesátých let rozhodla vyvinout modernější systémy. V únoru 1987 představila na veletrhu hraček Toy Fair 87' v New Yorku svoji novou herní konzolu s označením Atari XEGS (XE Game System) a již v listopadu 1987 ji uvolnila do prodeje. Nebylo to ale nic převratného - konzola XEGS byla v podstatě jen upravený 64 KB osmibitový počítač Atari 65XE, s oddělitelnou klávesnicí, vestavěným Basicem a vestavěnou hrou Missile Command (ta se spustí pokud je odpojená klávesnice a ve slotu není žadný jiný zásuvný modul). Zákazníky bylo velmi kritizováno, že se vlastně jedná o starý systém, jehož základem byl v podstatě počítač Atari 800XL z roku 1982! Herní systém Atari XEGS byl dodáván na trh včetně jednoho joysticku (CX40 v šedém provedení) a světelné pistole (XG-1) a tří her (Light Gun, Flight Simulator II a Bug Hunt) v zásuvných modulech. Prodávalo se také levnější balení bez klávesnice. Výroba byla ukončena k 1. lednu 1992.
Další herní systém Atari byl již podstatně úspěšnější. V červnu 1989 Atari představila přístroj Portable Color Entertainment System - záhy přejmenovaný na Lynx - první herní handheld (tj. přístroj do dlaně) na světě. To byla skutečně revoluční novinka! Podkladem pro Atari Lynx byl herní systém Handy firmy Epyx, vyvinutý roku 1987, od které Atari koupila licenci. Lynx byl velmi dobře a robustně proveden, s kvalitní podsvícennou LCD 3.5" obrazovkou, s výborným čtyřkanálovým zvukem, paletou 4096 barev, pro praváky i leváky. Srdcem systému byl osmibitový mikroprocesor MOS 65C02 na taktu 4MHz, který podporovaly dva zákaznické šestnáctibitové CMOS čipy na taktu 16MHz. Paměť RAM měla velikost 64 KB. Hry byly v zásuvných modulech o kapacitě 128 a 256 KB, později se objevily moduly o velikosti 512 KB. Napájení bylo z 6 x AA baterie (celkem 9V) nebo z externího 9V adaptéru.
Prodej Lynxu byl zahájen v říjnu 1989, ale pro nedostatky ve výrobě a marketingu (potíže s dodávkami LCD displejů, špatná reklama) se mu nepodařilo masově proniknout na vánoční trh. Moderní Lynx byl na vánoce 1989 rozdrcen podstatně primitivnějším černobílým GameBoyem (8bitový herní handheld) firmy Nintendo. Vánoční cena Lynxe byla zpočátku 199 USD za kus (GameBoy stál 109 dolarů), následně výrazně sestoupila. Nový předseda (CEO) Atari, pan Sam Tramiel (nahradil ve funkci svého otce, který mu přenechal místo), tak věru počátkem roku 1990 u konzolí neměl moc důvodů k optimismu...
Skoro po dvou letech po prvním Lynxu, v červenci 1991, Atari uvolnila druhou verzi Lynxu - Lynx II. Ten byl menší a lehčí než první typ a měl hlavně menší spotřebou energie, což je u každého přenosného přístroje vítaná vlastnost. Atari ve stejné době oznámila, že oproti předešlému roku prodala dvojnásobné množství Lynxů. Část dodávek směřovala k americkým vojákům na střední východ, kde tou dobou probíhala první válka v Perském zálivu. Výroba konzole Lynx II byla ukončena v roce 1995. Existuje pro ni (v současné době) asi 80 her od různých výrobců. Ještě v letech 1999-2002 vydala pro Lynx několik nových her firma Songbird Production z Minnesoty.
Handheld Atari Lynx obou verzí byl stále jen osmibitový systém a tak Atari, pokud chtěla být ještě lepší, musela přijít s lepším, a hlavně modernějším systémem. Nezačala však s vývojem šestnáctibitové konzoly, jak by logicky odpovídalo evoluci (tam již od roku 1989 kralovala konzola Sega Genesis/MegaDrive + od roku 1990 konzola Super Nintendo), ale vrhla se rovnou na vyšší třídu - na třídu dvaatřicetibitovou a dokonce šedesátičtyřbitovou. V roce 1991 byly zahájeny ve spolupráci s anglickou společností Flare Technology (80% společnosti vlastnila Atari) práce na projektu Panther - což měla být 32bitová herní konzola postavená na mikroprocesoru Motorola MC68000 na taktu 16MHz, objektovém 32bitovém čipu "PANTHER", a na zvukovém 32bitovém čipu "OTIS". Grafika měla být v paletě 262144 barev. Slibný projekt nebyl dokončen, neboť v roce 1992 se ukázalo, že souběžně vyvíjený 64bitový projekt Jaguar, bude dokončen ve stejné době. Jaguar měl být postaven na mikroprocesoru Motorola MC68000 na taktu 13MHz a na speciálních čipech "Tom " a "Jerry ".
64bitový herní systém Atari Jaguar 64 byl představen v srpnu 1993 na Consumer Electronics Show 93' v Chicagu. Tak jako Lynx, byl i tento revoluční herní systém! Jaguar nabídnul paletu 16 miliónů barev (24bitová paleta), zvuk v CD kvalitě (16bitový), víceprocesorový RISC systém (pět procesorů ve třech čipech), rozlišení 800 x 576 bodů a podporu JPEG i MPEG komprese. Výstup obrazu s podporou norem NTSC, PAL, S-Video a RGB. DSP konektor, 32 bit expanzní slot. Hry byly dodávány v zásuvných modulech o kapacitě 6 MB. Konzola Atari Jaguar 64 se dočkala nadšeného přijetí - byl to zcela jistě nejvýkonnější herní systém té doby, byť souběžně zaváděný systém Panasonic 3DO (32bitová konzola) měl velmi podobné parametry. Atari vždy zdůrazňovala, že Jaguar je 64bitový stroj. Pravdou však je, že jediné 64bitové součásti Jaguara byli jeho objektový a Blitter čip a paměťová sběrnice. Po vyřešení problémů byl Jaguar doplněn o přídavnou jednotku CD ROM (double speed) a hry pak byly vydávány i na CD.
Nejen přístroj, zajímavá byla i organizace výroby Jaguara. Posuďte sami: Většina dílů se vyráběla u Atari, speciální čipy dodávaly firmy Toshiba a Motorola. Samotná montáž konzol Jaguar plně probíhala v továrnách společnosti IBM v Severní Karolíně, která je pak zkompletované a zabalené odesílala zpět k Atari. (Atari tou dobou chyběly i montážní dílny, a rozhodně to nebylo z důvodů nadměrných zakázek.)
Prodej Jaguara byl zahájen v prosinci 1993 s podporou reklamní kampaně, za kterou Atari utratila 45 milionu USD. V balení byl systém, napájecí a TV adaptér, jeden joypad a hra Cybermorph. Předseda Sam Tramiel sice už v srpnu sebevědomě prohlašoval, že do konce roku prodají 50 tisíc kusů a v příštím roce rovných 500 tisíc. Bohužel se tak nestalo... Přestože si to u Atari jistě přáli, nesplnil Jaguar očekávání a na trhu se výrazně neprosadil. Příčinou byl opět nejen ubohý marketing, ale hlavně zde byl nedostatek nových her, které by byly schopny využít možností tohoto revolučního 64bitového systému. Atari sice měla do listopadu 1993 podepsané dohody s pětatřicítkou software firem (např. Accolade, Ocean Software či id Software), ale Jaguar byl pro vývojáře nový a složitý, a tak většina her byly jen prosté předělávky starších her ze šestnáctibitů. O to více zazářily nové hry, jako např. slavný Tempest 2000 nebo Alien vs. Predator (později se dočkali i PC verze, odkud je můžete znát). Počtem kvalitních her tudíž Jaguar nemohl konkurovat nově zaváděným systémům Sega Saturn, Nintendo 64 nebo Sony PlayStation. Celkem pro Jaguara existuje (v současné době) asi 60 her. V době uvedení na trh stál Jaguar 250 USD, v roce 1995 kolem 200 USD, později jeho cena klesla až na 99 USD...
Malá odbočka: Na jaře 1995 začala jihokorejská společnost Nics Electronic Company Ltd. vyrábět v Číně 8bitovou herní konzolu s názvem TV-Boy, která nejenže vypadala skoro stejně jako stará "dřevěná" konzola Atari VCS z roku 1977, tak také měla implementovaných jejich 127 her a které byly úplně stejné jako ty z osmdesátých let!
V dubnu 1995 Atari oznámila plány na výrobu virtuální helmy pro Jaguara (tzv. Jaguar VR headset) - zařízení, které by hráči umožnilo fantastickou věc: být součástí hry. Tento vpravdě revoluční výrobek byl veřejností se zájmem očekáván, ale projekt byl nakonec z finančních důvodů zastaven.
V září 1995 (tedy dva roky po prvním představení Jaguara) byla dána do prodeje dlouho očekávaná jednotka Jaguar CD ROM. Jednotka se připevňovala na horní část konzoly Jaguar a byla opatřena průchozím slotem pro cartridge konzoly. Nepraktické bylo, že měla svůj vlastní napájecí adaptér. Kromě čtení Jaguar CD bylo možno přehrávat i klasické Audio CD. Přehrávání Audio CD bylo navíc možné sledovat na obrazovce ve vizualizované formě (tj. něco jako dnešní vizualizér v programu Winamp), umožnil to vestavěný program CD jednotky s názvem Virtual Light Machine (VLM). S jednotkou byla k systému přidána možnost uložení rozehrané hry pomocí tzv. Memory Track Cartridge, která se připojovala právě k jednotce CD ROM. V případě formátu herních disků pro Jaguara šla Atari vlastní cestou (jak bylo ostatně u Atari vždy obvyklé), takže jejich kapacita byla neobvyklých 790 MB, místo normovaných 650 MB (což se vzápětí stalo předmětem sporu s majitelem licence CD ROM, tj. firmou Philips). Atari se s novou jednotkou těšila na zvýšení prodeje her a ještě více se vrhla do jejich vývoje, aby je mohla dostat na vánoční trh 1995. To se sice podařilo, ale přesto bylo pozdě: Jaguar už nedokázal konkurenci více vzdorovat...
Poslední prezentace výrobků a firmy Atari se konala v lednu 1996 na Winter Consumer Electronics Show 96' v Las Vegas. Atari ve svém stánku představila jen pár nových her, jako např. již zmíněný Tempest 2000. To bylo bohužel vše...
Sam Tramiel vsadil na Jaguara a prohrál. Od jeho uvedení na trh v prosinci 1993 do ukončení výroby v roce 1996 se prodalo jen kolem 200 tisíc kusů. Oproti japonské konkurenci (Sega, Nintendo, Panasonic, Sony), jejichž prodeje se již tou dobou pohybovaly v řádech miliónů kusů, tedy výrazně, ale výrazně méně. Tehdy to ještě nikdo netušil, ale herní konzola Atari Jaguar 64 získala tu smutnou čest, být posledním oficiálním produktem, kdysi velmi slavné Atari Corporation...
"Have you played Atari today?"
Výroba her pro Atari Jaguar 64 pokračovala i po ukonční výroby. Nikoliv ovšem z iniciativy Atari, ale po otevření platformy pro volné použití u třetích firem (za všechny jmenujme Telegames a Songbird Productions).