V roce 1978 vypustila nově založená divize elektronických her Atari Electronics Games svůj první produkt - malou ruční hru (tzv. Handheld Game) s názvem Touch Me, jenž vycházela ze stejnojmenné Atari hry z roku 1974 (viz. kap. 5). Úkolem hráče bylo opakovat kombinace zvuků a záblesků. Dalšími výrobky AEG divize měly být ruční verze populárních her Space Invaders a Breakout. K tomu však nikdy nedošlo, neboť z důvodu obav o prodejnost těchto a podobných výrobků byla divize elektronických her záhy a bez náhrady zrušena. Touch Me byl její jedinný produkt.
Stále však pokračovala výroba konzol VCS - jen v roce 1978 jich bylo vyrobeno 800 tisíc kusů. Prodej však od počátku roku neodpovídal výrobě a polovina konzol zůstávala ve skladech. Útěchou bylo, že profit na konzolách byl velmi malý a spíše se očekával zisk z prodeje cartridgí. K deficitu prodeje se ale přidaly problémy ve výrobě (např. vadné součástky v konzolách) a hlavně, předseda Atari, pan Nolan Bushnell, se v té době projevil jako "divný manažér" - postupně ztrácel zájem o provoz firmy a místo toho raději cestoval a kupoval domy. Vůbec mu nevadilo, že prodej konzol nebyl tak velký, jak se očekávalo...
Vedení Warnerů bylo ovšem špatnými výsledky již delší dobu znepokojeno a reagovalo tak, že do čela Atari Consumer Division jmenovalo počátkem roku 1978 pana Raymounda Kassara, bývalého viceprezidenta společnosti Burlington Industries - pro jeho povahu přezdívaného "The Czar.", car. Člověka se zcela odlišnými způsoby a chováním než Bushnell. Kassar chodil vždy perfektně oblečený, bydlel v San Francisku, nechával se do práce vozit limuzínou, pracoval od půl osmé ráno a odmítal se účastnit zasedání managementu, kde se pilo pivo a kouřila marihuana. Kassar se brzy dostal s Bushnellem do konfliktů, a to obzvláště k tématu, zda utvořit u Atari (s ohledem na situaci na trhu) divizi domácích počítačů (Home Computer Division). Bushnell vůbec nechtěl, aby Atari vstupovala na trh počítačů, ale naopak chtěl, aby zůstala věrná jen speciálním produktům pro zábavu a volný čas. Měl tehdy za to, že počítače nejsou pro tento účel tak vhodné...
Pod tlakem shora a hlavně po hádce s vedením Warnerů ohledně smyslu další výroby konzol VCS, o které si Bushnell myslel, že by nyní měla raději skončit, Bushnell v listopadu roku 1978 nakonec Atari opouští a jeho místo předsedy správní rady (CEO) přebírá právě Raymound Kassar, který naopak výrobu konzol podporoval. Bushnell dostal slušné odstupné a v dohodě s Warnery se zavázal, že se nebude 5 let (do 1. října 1983) angažovat v herním průmyslu. Spolu s Bushnellem dobrovolně odešel i jeho přítel Joe Keenan, dosavadní prezident Atari.
Opustili sice Atari, ale svět videoher úplně neopustili - oba se totiž vzápětí vrhli na podnikání se svou novou společností, nazvanou Chuck E. Cheese's Pizza Time Theater, jinak řetězcem rychlého občerstvení s videoautomaty, zaměřený hlavně na rodiny s dětmi. Základem pro síť restaurací Chuck E. Cheese's Pizza Time Theater byla společnost Pizza Time Theaters, kterou Bushnell koupil v roce 1977 ještě jako předseda Atari od Warnerů, kteří ji tehdy založili. Aby se děti v prodejnách nenudily, mohli tam hrát i videohry. Bushnell restaurace doplnil o plyšové postavičky zvířátek Walta Disneye, které vyhrávaly na hudební nástroje...
Změny ve společnosti Atari byly po nástupu nového vedení okamžité. Byla založena ona sporná Home Computer Division s úkolem vyrábět domácí počítače. Také se pronikavě změnila firemní atmosféra. Nebyly již tolerovány žádné výstřelky v oblečení, musela se dodržovat pracovní doba, byly zavedeny píchací karty, hlídala se bezpečnost práce, materiál atd. Svobodný duch firmy z počátku sedmdesátých let byl pryč... V kontrastu k nechuti Buschnella počítačů lze uvést, že v prosinci 1978, tj. měsíc po odchodu Bushnella, byl v budově ředitelství Atari v Sunnyvale, na Borregas Avenue 1265, instalován sálový počítač IBM 370-148, který následně sloužil pro zpracování dat a vedení účetnictví Atari.
Po Bushnellově odchodu se Atari začalo dařit jako nikdy předtím. Konzola VCS se i na vánoce 1978 (a pak i příští rok) stala trhákem. Reklama na ni byla doslova všude - to byla taktika nového vedení. Pro VCS začaly vznikat nové a nové hry, z nichž některé byly trháky taktéž, jmenujme zde např. slavné hry: Space Invaders, Battle Zone, Centipede, Missile Command, PacMan či Asteroids. Tyto hry byly ve své době tak populární, že právě jenom kvůli nim si někteří lidé šli VCS koupit! Hry šly velmi dobře na odbyt a mnohokrát vyhrály titul "Nejlepší hra roku", a to v různých kategoriích, vyhlašované různými časopisy...
V letech 1979-1982 Atari kompletně ovládala trh domácích videoher. Hlavní konkurenti, Coleco a Mattel, byli okolnostmi nuceni vypustit adaptér, který dovolil hrát VCS hry na jejich systémech (a to se stalo vzápětí soudním sporem s Atari) nebo pro něj předělávali své vlastní hry. Pravidlem Atari bylo nevyrábět dvě hry stejné, i tak např. v období 1979-1980 vypustila 12 různých her pro VCS. Na některé hry (třeba již zmíněné Space Invaders a PacMan) zakoupila Atari od jejich autorů či výrobců licenci. Některé hry byly obzvláště populární a proto ani nepřekvapí, že třeba v listopadu 1980 Atari sponzorovala soutěž "First National Space Invaders Competition" v New Yorku, což byla soutěž ve hře Space Invaders, a nebo to, že velké obchodní domy v USA pořádali veřejné soutěže se hrou PacMan...
V té době však odešlo od Atari dost zaměstnanců, jimž vadila utužující se firemní kultura, a některým taktéž i to, že politika firmy neumožňovala vkládat do her jména tvůrců. Tito tvůrci si pak po odchodu zakládali vlastní nezávislé programátorské firmy. Takto vznikl i dodnes známý Activision (založili ho bývalí Atari zaměstnanci David Crane, Alan Miller, Bob Whitehead a Larry Kaplan v řijnu 1979 - v roce 1982 pak vydali veleúspěšnou hru River Raid) nebo firma Imagic (zakladatelé Bill Grubb, Bob Smith, Rob Fulop a jeden z prvních programátorů Atari, Dennis Koble). Kromě možnosti být slavný (a tím zajisté došlo k sebeuspokojení autorů), to mělo výhodu i pro zákazníky, protože ti se brzy naučili poznávat kvalitu her podle jmen návrhářů, a tím se při dalších nákupech řídili.
Od Atari odchází počátkem osmdesátých let také inženýr Jay Miner, již zmíněný klíčový tvůrce čipů (nejprve TIA, pak čipy CTIA a ANTIC) a vedoucí návrhář VCS, a to poté, co vedení Atari není přístupné jeho návrhu na vývoj šestnáctibitového systému. V roce 1982 zakládá Miner v Santa Clara vlastní nezávislou vývojovou firmu, nazvanou Hi-Toro, později přejmenovanou na Amiga, kde tento svůj nápad realizuje. (J.Miner vykonal pro herní a počítačový průmysl opravdu ještě mnoho, zemřel po těžké nemoci v roce 1994, ve věku 62 let.)
Pocit rozladění kmenových Atari programátorů také dokládá odvážný čin, kdy jeden z nich, pan Warren Robinett, unavený politikou autorského nedocenění, vložil tajně své jméno do hry Adventure (vydané pro VCS v roce 1980). Ve skryté místnosti hry tam stálo napsáno: "Created by Warren Robinett." Robinett tím vytvořil první známé, a dodnes používané, tzv. Velikonoční vajíčko. Jako perličku lze uvést to, že popularita Velikonočního vajíčka, objeveném jedním z hráčů, pobídla Atari uvolnit své budoucí hry s podobným - již uvážlivě vloženým překvapením. (Robinett tehdy potrestán nebyl, ale možná to bylo jen proto, že zanedlouho Atari sám opustil...)
Hry pro herní konzolu VCS nevznikaly pouze u Atari ale také u jiných výrobců. Atari tomu původně bránila a dokonce některé firmy žalovala (např. již zmíněný Activision), ale nakonec však ustoupila, neboť bylo zřejmé, že velké množství her, byť cizích, zvyšuje i prodejnost konzol. Jedině tak bylo možno zaznamenat, že například v roce 1983 bylo pro VCS vyráběno přes 200 her a to od nejméně čtyřiceti různých výrobců. Špatné bylo, že hodně cizích her mělo takřka nulovou kvalitu.
Za éry Warnerů, konkrétně v roce 1981, byl u Atari vyvinut také jeden naprosto raritní přístroj - ruční holografický herní systém Cosmos. Autoři Allan Alcorn, Harry Jenkins a Roger Hector sice prohlašovali, že to je 3D nebo holografický herní systém (Holoptic Tabletop Game), ale ve skutečnosti to byla jen malá 7x6 mřížka z červených LED, na pozadí se dvěma obrázky, prosvětlovanými z různých úhlů. Kritikům tohoto způsobu zobrazení se bránilo poukazem na to, že se jedná o první holografickou hru svého druhu, a že by tedy nemuseli být tak kritičtí... Prototyp, včetně osmi her, byl představeni na veletrhu hraček International Toy Fair 81' v New Yorku, s příslibem dodávek do vánoc 1981. O Cosmos byl zájem, avšak výroba nebyla nakonec zahájena - předseda Kassar neměl v nový výrobek důvěru a navíc to byl přece přístroj, již jednou zrušené třídy Handheld Game...
V souvislosti s Cosmosem lze poznamenat, že právě jeho odmítnutí bylo pro konstruktéra Allana Alcorna (byl u Atari od počátku a taktéž stvořil legendární Pong) důvodem pro definititivní opuštění Atari - už nechtěl být ve firmě, jejíž vedení se dle jeho názoru bránilo novinkám...
Stejně jako Cosmos se do výroby nedostal ani připravovaný bezdrátový rádiový (RC) joystick Atari 2700 pro konzolu VCS. U toho se ale ukázalo, že je náchylný k rušení a více joysticků se navzájem ovlivňuje.
V roce 1981 se Atari stala nejrychleji rozvíjející se firmou v americké historii. Své mateřské společnosti, Warnerům, k jejich velké radosti, vydělala polovinu všech jejich zisků. V roce 1979 měla obrat 238 miliónů USD, o rok později 512 miliónů USD, a v roce 1981 dosáhla na dvě miliardy USD. Atari byla na vrcholu své slávy a ovládala většinu trhu videoher. V roce 1982 měla v Křemíkovém údolí na 70 administrativních budov (v Sunnyvale 33 budov, Santa Clara 18, San Jose 12, Milpitas 7) a ve svých kancelářích a továrnách po celém světě (USA, Tchaj-Wan, Irsko) měla na 10 tisíc zaměstnanců. Vyráběla hry, konzole, videoautomaty a také už domácí počítače...